Im Spätsommer 1225 erhielten die Zisterziensermönche des bei Breslau gelegenen Kloster Lebus und die Zisterzienserinnen des Klosters Trebnitz vom schlesischen Piastenfürsten Heinrich dem Bärtigen je 200 Hufen Land zur Gründung eines Marktfleckens geschenkt. Nachdem die Nonnen auf ihre Ansprüche verzichtet hatten, legten die Mönche aus Leubus auf einer von Sümpfen und Seen umgebenen Hochfläche die Siedlung an, der sie in Anlehnung an ihre Herkunft zunächst den Namen Lubes gaben.

Der Ort wurde am 29. Juni 1232 in einer Urkunde Heinrichs des Bärtigen, die den Bewohnern weitere Ländereien und Privilegien zusprach, erstmals erwähnt. In der Schenkungsbestätigung von Papst Gregorius vom 11. Februar 1233 erhielt der Ort seinen heutigen Namen Müncheberg (damalige Schreibweise: Municheberg). 1245 erhielt der Ort durch Herzog Boleslav das Marktrecht. Beginnend mit dem Jahr 1319 wurde eine rund sieben Meter hohe Stadtmauer mit zwei Stadttoren, dem Küstriner Tor (Storchenturm genannt) und dem Berliner Tor (Pulverturm), zum Schutz der Stadt errichtet. Im Verlauf des 14. und 15. Jahrhunderts konnte die junge Stadt ihre Stellung als wichtiger Marktflecken ausbauen und ihr Territorium vergrößern. 1318 erwarb die Stadt den Wald Cöpernitz, 1352 kam das Dorf Hoppegarten zu Müncheberg, 1410 das Dorf Maxsee und 1493 das Dorf Schlagenthin. 1355 wurden die Stadtpfarrkirche und die Hospitäler erstmals erwähnt. Durch die Verlegung der Landstraßen über Quilitz und Seelow sowie Liebenberg nach Müncheberg in den Jahren 1348 und 1362 kamen zwei Zollstellen nach Müncheberg.

Am 17. April 1432 fiel die Stadt zu großen Teilen in Schutt und Asche, nachdem die Hussiten das Küstriner Tor zerstört und die Kirche geplündert hatten. Von 1472 bis 1639 war Müncheberg im Besitz des in Jahnsfelde ansässigen Adelsgeschlechts von Pfuel. Im 17. Jahrhundert hinterließen der Dreißigjährige Krieg und die Pest ihre Spuren. Zudem brannte die Stadt einige Male. Der schlimmste Stadtbrand im Jahre 1641 ließ nur die Kirche und wenige umliegende Häuser übrig. Im späten 17. Jahrhundert besserten sich die Verhältnisse in der Stadt jedoch wieder rasch.

1689 wurde eine erste Poststation eingerichtet, die bald eine wichtige Station auf der regelmäßigen Poststrecke von Berlin nach Frankfurt/Oder wurde. 1692 wurde das wiederaufgebaute Rathaus vollendet. Durch den Ausbau der Kunststraßen im ersten Drittel des 19. Jahrhunderts (Reichsstraße 1, heute Bundesstraße 1) wurde die Stadt zu einem Zentrum des Warenverkehrs in Richtung Osten. 1818 zählte die Poststation in Müncheberg zu den größten Poststationen in Preußen. 1879 wurde das Amtsgericht Müncheberg eingerichtet.

Den Ersten Weltkreig bezahlten 129 Müncheberger mit ihrem Leben. Vom Zweiten Weltkrieg zeugen Kriegsgräberstätten auf den Müncheberger Friedhöfen und ein sowjetischer Ehrenfriedhof mit Ehrenmal an der B 168 (Karl-Marx-Straße). Auf der Ende der 1970er Jahre errichteten terrassenförmigen Anlage liegen 239 Sowjetsoldaten begraben. Beim Vormarsch der Roten Armee gegen Berlin wurde ein Großteil der historischen Bausubstanz der Stadt zerstört. An die jüdische Gemeinde und ihr Gotteshaus erinnert seit 1995 eine Gedenktafel in der Rathausstraße 2. Im Wald zwischen dem Ortsteil Hermersdorf und Wulkow sowie zwischen Wulkow und Neuhardenberg wurden während des Zweiten Weltkrieges zwei KZ-Außenlager des KZ Theresienstadt errichtet. Seit 1995 erinnern ein Gedenkstein in der Hauptstraße von Hermersdorf sowie eine Gedenktafel am Schullandheim neben der Kirche an die Toten dieser Außenlager.

Nach dem Zweiten Weltkrieg wurde die kriegszerstörte Altstadt größtenteils neu wiederaufgebaut. Nach der Wiedervereinigung Deutschlands wurden die verbliebenen Baudenkmäler, insbesondere die Stadtkirche St. Marien, restauriert und einer neuen Nutzung zugeführt. Müncheberg gehörte seit 1817 zum Landkreis Lebus in der Provinz Brandenburg und ab 1952 zum Kreis Strausberg (bis 1990 im DDR-Bezirk Frankfurt/Oder, 1990–1993 im Land Brandenburg). Seit der Kreisreform 1993 liegt die Stadt im Landkreis Märkisch Oderland.